珍珠奶茶的珍珠是用木薯粉或者地瓜粉，或者其他淀粉制作而成的。木薯淀粉是木薯经过淀粉提取后脱水干燥加工而成的材料，将地瓜粉或者木薯粉搓成小球，然后经过加热煮熟后，淀粉分子就会聚在一起，就变成了Q弹好吃的珍珠了。
珍珠奶茶使用的珍珠，是由木薯粉或者其他淀粉制作而成的粉圆，粉圆在加入奶茶之前，通常还会先浸泡糖浆，确保粉圆在偏甜的奶茶中，仍可以保持甜味。珍珠一般使用较大颗粒的粉圆，烹煮后的直径约7mm以上，否则粉圆太小，用一般口径大的茶饮吸管时容易变得“满嘴珍珠”，也不方便品尝粉圆的咬劲。
奶茶的基底通常使用红茶，也有店家提供使用绿茶的珍珠奶茶，称为珍珠绿奶或者珍珠奶绿，也有许多店家以咖啡冻、豆花、布丁、仙草等口感类似的食物添进奶茶里，以此来增加奶茶的口感。
相传清朝时候，用木薯粉为原料做成类似于汤圆的甜汤，献给慈禧太后作为寿礼，慈禧吃了赞不绝，。后来经过美食家的多次改良，让它变得像珍珠一样光滑圆润。
