1、由于环境变迁、水利废弛，京杭大运河水流萎缩、泥沙淤塞，航道条件恶化。现今，大运河北段基本已失去航运价值，只有山东济宁以南河段尚能进行内河航运。
2、由于近现代以来南北向铁路公路干线的贯通，以及廉价的近海海运的兴起，大运河作为沟通南北人流物流大动脉的功能逐步被各种现代交通方式取代了。换言之，丧失了在交通运输市场上的竞争力。
3、大运河在古代一个很重要的职能是承办官府漕运，在漕运的基础上衍生出庞大的人流物流，推动运河运输的兴旺和运河沿线经济的繁荣。近代以降，漕运作为封建王朝的产物在近代交通邮传兴起后最终走向消亡，大运河失去了最重要的政治经济支柱，也就逐步走向衰落。
