一、指代不同
1、mp4：是一套用于音频、视频信息的压缩编码标准，由国际标准化组织（ISO）和国际电工委乜蓑笤漶员会（IEC）下属的“动态图像专家组”制定。
2、mkv：是一种开放标准的自由的容器和文件格式，是一种多媒体封装格式，能够在一个文件中容纳无限数量的视频、音频、图片或字幕轨道。
二、编码不同
1、mp4：对于不同的对象可采用不同的编码算法，从而进一步提高压缩效率；对象各自相对独立，提高了多媒体数据的可重用性；允许用户对单个的对象操作，提供前所未有的交互性；
2、mkv：对于携带了音频、字幕的视频文件是.MKV；对于3D立体影像视频是.MK3D；对于单一的纯音频文件是.MKA；对于单一的纯字幕文件是.MKS。
三、特点不同
1、mp4：是一个公开的平台，各公司、机构均可以根据MPEG-4标准开发不同的制式，因此市场上出现了很多基于MPEG-4技术的视讯格式，例如WMV 9、Quick Time、DivX、Xvid等。
2、mkv：能容纳多种不同类型编码的视频、音频及字幕流，甚至囊括了RealMedia及QuickTime这类流媒体，可以说是对传统媒体封装格式的一次大颠覆。
参考资料来源：百度百科-mkv
参考资料来源：百度百科-mp4
