1、本身缺乏显著性或属于商标法律禁注禁用的词语不能通过查询来判断其申请注册是否能被核准；
2、如有在先申请的相同或近似商标在查询时还未进入商标局数据库，因两者时间相近会使查询结果无法反映；
3、如查询报告提供了几个可能构成近似的商标，代理人只是通过一般审查标准和经验来做出分析，其意见仅供参考，并不能代表商标局的审查意见；
4、对于组合商标，若仅查询了商标的一部分（如中文或英文），而实际申请商标中的其它部分（如图形）与他人的注册商标相同或近似也会导致商标整体被驳回；
5、委托人在查询时仅提供了商标的名称，但实际申请时所提供的商标设计稿中由于字体、色彩、结构或排列的差异，也会导致查询结果不能完全反映相同或近似的程度。
