1、外观：5S和SE外观几乎一样，但仔细看就发现iPhoneSE背面的iPhone标识下面多了个SE标志，还多了玫瑰金配色，这都是5S所没有的。
2、性能：iPhone 5S搭载A7处理器，1560mAh电池，1GB运行内存；而iPhone SE搭载A9处理器，1642mAh电池，2GB运行内存，相比之下iPhone SE性能更好。
3、拍照：iPhone 5S搭载后置800W，前置120W像素：而iPhone SE搭载后置1200W，前置120W像素，拍照方面也比5S方面提升了很多，支持4K录制，live photo，这都是5S没有的。
4、网络：iPhone SE网速比iPhone 5S快了不少，支持三大运营商4G网络，这也是5S所不具备的。
5、此外，SE比5S多了NFC，支持Apple Pay，现在苹果公司允许刷地铁公交，未来Apple Pay将发挥着越来越重要的作用。
