1、第一章·梦的开始主角登场，大木博士开始介绍，接着出现我们主角的宿敌，小茂。一开始出现在家的楼上，下楼找妈妈，得知大木博士正在寻找自己。来到研究所，博士不在家，碰见小茂，刚想出城就被大木叫住了，跟着大木回研究所。选自己喜欢的神奇宝贝吧，不过可惜不是皮卡丘，一般都会选择后期很强的小火龙。与小茂对战轻松战胜。出了真新镇，向上过1号路来到常磐市，去道具商店，从店员那里获得大木的包裹，拿回真新镇交还给大木，小茂也回来，大木同时赠送宝可梦图鉴。临别前去一趟小茂家，从娜娜美处取得城镇地图。
3、第四章·圣安奴号之旅从华蓝市右上出发，途经一户惨遭火箭队炸墙的人家，追了出去，教训教训他，得到TM28挖洞。在5号路上有宝可梦饲育屋从地下通路穿过，里面有个小女孩用尼多兰换尼多朗，出地道来到6号路，向下就来到了枯叶市，宝可梦中心的女孩可以拿到战斗探测器，中心隔壁拿钓竿。在宝可梦俱乐部听会长讲故事获得自行车兑换卷回华蓝市，用兑换卷换得一辆自行车想挑战枯叶道馆，不过被一棵树挡着，先来乘坐右边的渡海游轮圣安奴号，豪华的游轮，第二间房是可以休息的，一直来到船舱内部，碰到小茂，又要开战。接着来到船长室，帮船长揉背，从船长那里得到HM01一字斩，拿到就闪，豪华游轮也离我而去，让宝可梦学会一字斩，劈开树木，开始挑战道馆！馆内要连续调查两个垃圾桶才能把开关打开（找到一个机关，记录一下，上下左右的寻找旁边的垃圾桶，不中就退）。三枚徽章入手，先前往11号路的地鼠洞洞穴直通到尼比市的2号路，在下方的休息站遇到博士助手，如果此时你收服了10种宝可梦，恭喜你，博士助手会送你HM05闪光，返回枯叶市，从右边一直到11号路尽头，发现一只卡比兽挡住去路，无奈之下折返回去回到华蓝市右边的9号路，切开小树前进吧，来到黑不溜秋的岩山隧道，使用闪光，洞内一位NPC传授山崩地裂，经过长途跋涉，终于出了隧道，来到了紫苑镇。
