1、外用药物疗法：这类药物具有抗病毒和/或提高局部抗力作用，药物应用安全，对患者的痛苦小，多数疗效好。该疗法适用于各部位及各种类型的疣体，但对带蒂状疣体疗效差，对明显肥厚或巨大的疣体需要反复或长疗程用药。
2、激光疗法：该疗法不适用于大面积疣体或反复治疗尿道口和肛门内病变，否则易产生尿道口或肛门粘连与狭窄，导致排尿或排便困难。激光疗法对患者会产生一定痛苦，尤其是大面积病变治疗后易感染、伤口愈合缓慢、预后遗留疤痕或某些生理部位的缺陷等。
3、冷冻疗法：该疗法通过低温破坏湿疣病变，适用于片状疣体。冷冻疗法时有疼痛，治疗过度会引起明显红肿、坏死、溃疡或感染。
4、光动力疗法：该疗法多用于较局限、较小疣体或在激光等疗法先去除疣体后作为一种预防复发性治疗。该疗法安全性较好，但光照时局部有灼热或疼痛感，有些可引起局部水肿，每次治疗时间较长，治疗费用也较高。
5、微波疗法：该疗法如同激光疗法是直接将湿疣病变去除，在临床上选用较少。
6、手术疗法：该疗法仅用于单个基底较小(带蒂)的湿疣病变。由于手术疗法易造成对医疗器械等污染，且操作较复杂，目前已基本不用。
