1、在地球的反击战中9s和2b使用黑匣子自曝 解决了病毒感染的YoRHa 在地堡苏醒
2、苏醒后 到指挥部向指挥官报告事件 但系统的监视一切正常 没有病毒迹象 于是怀疑是2b和9s被病毒感染 杀光了其他YoRHa
3、但突然其他剩余的YoRHa都被病毒入侵开始攻击我们
4、之后需要保护指挥官 逃离地堡
5、但在逃离时 指挥官也被病毒入侵 于是命令9s和2b离开 自己和地堡一起毁灭
6、9s和2b乘坐机甲前往地球（在地球有个细节 二周目序章的机械弟弟还在救他的哥哥）
7、在降落地球时 会被机械生命攻击 在袭击中9s和2b分开 2b的战甲坠毁地面
8、之后我们会控制2b进行战斗 前往商业废墟 但在病毒的不断入侵下2b的意识越来越弱
9、在穿过木桥后 2b被感染的YoRHa围攻 此时A2出现击败了被感染的队员
10、但2b此时即将被病毒控制 于是请求A2解决自己
11、同时我们控制9s来晚一步正好看到A2杀死2b
12、就在9s上前想要为2b复仇时 地面升出神秘的巨大建筑 9s掉入深渊 到此三周目正式开始
