1、首先，在170微升噬菌体加入20微升适当的限制酶缓冲液，加入适当的限制酶75-150单位，在最适温度下保温一小时以上。
2、然后，再追加两倍过量BamH I酶，在37摄氏度反应一小时，在苯酚抽提后，无水乙醇沉淀，用TE溶解。
3、然后，在400微升反应体系中用Nae I，在37摄氏度下保温一小时，在酶切完全后，加入EDTA溶液至终浓度5mmol/L，用酚/氯仿和氯仿各抽提一次。
4、然后，用无水乙醇进行沉淀，自然干燥，用10mmol/lTris-HCL溶解DNA沉淀至终质量浓度为0.1微克没微升。
5、然后，加入1/10体积的10*CIAP缓冲液，1-2微升CIAP，并用水补足30微升，在37摄氏度保温半小时，再加入同等量的CIAP于37摄氏度反应半小时。
6、最后，加入1/20体积的10%SDS，1/50体积的25mmol/lEDTA，1/200体积的10mg/ml蛋白酶K,在75摄氏度下保温十分钟。
