1、将rnaseq数据如代谢组学数据整合就是把mRNARNA-seq即转录组测序技术。
2、反映出它们的表达水平,smallRNA,and NONcoding RNA等或者其中一些用高通量测序技术把它们的序列测出来。
3、参考序列的长度，原则上越接近原基因长度越好；参考序列的数目，若数目太少，大量tag比对不上基因，用来分析的基因就会减少，得到的信息就会减少。
4、另外，参考序列冗余，会导致很多信息丢失。
5、对目前不清楚的物种，没有太多可用的参考序列，选取时要慎重，总之cDNA好于CDS，CDS好于EST。
