1、鲜叶选择。两者都是采自同一种茶树上面，在鲜叶的选择上面，正山小种采用茶树嫩芽的一芽一叶或者一芽两叶作为茶叶鲜叶的，而金骏眉必须选自茶树刚开芽的嫩叶，摘取芽头最鲜嫩的部位。
2、制作工艺不同。正山小种与金骏眉的制作工艺大体相同，经过研发人员的微创新，才有了现在的金骏眉，主要是在发酵以及熏制的过程中有所不同。金骏眉的制作工艺更加精进，正山小种则是采用传统的经典制作工艺。
3、味道差异。一般来说，正山小种都带着一股浓重的松烟味，也可以说是桂圆香，而金骏眉主要是做轻烟或者无烟处理的，金骏眉的味道稍微较正山小种清淡一些。
