1、作用一：门诊补偿(1)村卫生室及村中心卫生室就诊报销60%，每次就诊处方药费限额10元，卫生院医生临时补液处方药费限额50元。(2)镇卫生院就诊报销40%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额100元。(3)二级医院就诊报销30%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额200元。(4)三级医院就诊报销20%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额200元。(5)中药发票附上处方每贴限额1元。 (6)镇级合作医疗门诊补偿年限额5000元。
3、作用三：大病补偿镇风险基金补偿：凡参加合作医疗的住院病人一次性或全年累计应报医疗费超过5000元以上分段补偿，即5001-10000元补偿65%，10001-18000元补偿70%。 镇级合作医疗住院及尿毒症门诊血透、肿瘤门诊放疗和化疗补偿年限额1.1万元。
