1、对于近海作业的小型水面船舶，由于近海水质较差，因此主要考虑蒸馏法海水淡化。
2、较大型水面船舶，以柴油机或汽轮机为动力的，为充分利用其余热，可采用蒸馏法海水淡化;以燃气轮机为动力的，其向辅机提供的主要能源是电能，主要采用反渗透海水淡化。
3、大型常规蒸汽动力船舶由于所需淡水量大，为充分利用蒸汽废热，一般采用多级闪蒸海水淡化装置;核动力航母考虑到辐射问题要严格控制其废热的排放，且电能供应充足，一般选择反渗透海水淡化装置。
4、常规船舶只有电力，没有废热和蒸汽能源，使用反渗透装置是其唯一的选择;对于核动力潜艇，同核动力航母一样采用反渗透海水淡化，预处理海水浓盐水。
