1、如何分析半同胞家系模型（计算遗传力以及配合力）如何分析完全双列杂交（是否考虑系谱信息）如何分析无性系数据（计算遗传力、重复力）如何分析个体动物模型（包括公畜模型、公畜-母畜模型、动物模型）如何计算近交系数和亲缘关系系数如何计算遗传力以及标准误如何计算母体效应以及永久环境效应如何评价固定效应和随机效应的显著性（Wald和LRT检验）如何评价和比较模型的优劣（AIC、BIC、LRT），如何调整和优化模型
多性状分析
连续性状相关分析（表型相关、遗传相关、环境相关）阈值性状与生长性状的相关（遗传相关和表型相关）分析性状相关的显著性检验值性状的遗传参数评估（遗传力、育种值）多地点试验（MET）数据分析（G by E）空间分析模型的比较和优化（LRT、AIC、BIC）高通量SNP信息在数据分析中的应用SNP与表型性状的关联分析（SNP效应、替换效应、加性和显性效应）GBLUP育种值估计一步法GBLUP（one-step GBLUP）如何利用SNP信息进行GS分析（Genomic Selection）