1、仓库密封性差，不利于仓库防护措施的建设。很多档案密集架仓库不是提前设计规划的，而是在原有档案室的基础上进行改造，门窗不改造，密封性比较差。密集架仓库的干燥湿度很难控制，在防尘、采光和防鼠方面存在很大问题。
2、是很多密集架仓库放在一楼，湿气重。限于建筑物的承重能力，再加上密集架的重量大，大部分单位密集架的仓库都建在一楼。这种情况下，如果地面不防水，密集架仓库的湿度很容易超标。
3、档案密集架一旦有污染，很容易大面积扩散。如果不是全封闭密集架或者门板侧板不完整，密集架很容易出现大面积虫蛀霉变。一旦其中一部分被昆虫和老鼠侵蚀，其他部分就会在短时间内被污染。或者一些含有气体的密集架。如果有煤气泄漏，污染很难控制，会通过密封不好的仓库出去。
