lncRNA-Gene-Network网络图的含义

 时间:2024-10-31 22:11:18

1、点:图中每个圆点代表一个基因,五边形代表一个lncRNA。

lncRNA-Gene-Network网络图的含义

2、颜色:对于两分组(例如实验组和对照组),红色圆点为上调基因,红色五边形为上调lncRNA,亍陲驵哺蓝色圆点为下调基因,蓝色五边形为下调lncRNA,对于多分组(例如耘资诡拨组1,组2,组3),由于差异基因和差异lncRNA不分上、下调,所以紫色圆点为差异基因, 紫色五边形为差异lncRNA。

3、连线:两个点的共表达关系用连线表示,正相关用实线连接,负相关用虚线连接。

4、数量:一般基因数量建议控制在100-500左右,lncRNA数量控制在100-500左右,数量太少可能会由于关系太少,连不成网络图,数量太多网络图会太大,不便于后续挑选。

5、挑选:点的大小代表与之有共表达关系的懋鲕壶迎基因和lncRNA数量,点越大,代表与之有共表达关系的基因和lncRNA越多,推测其越重要,是网络图中的核心基因和lncRNA,可以挑选做后续的验证试验或进一步的分析。如上图中ENST00000384172,ENST00000384205是网络中核心的lncRNA,IL31RA,HHIP是网络中的核心基因。

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