工程预付款肯定是要扣回的。
施工企业承包工程，一般实行包工包料，需要有一定数量的备料周转金，由建设单位在开工前拨给施工企业一定数额的预付备料款，构成施工企业为该承包工程储备和准备主要材料、结构件所需的流动资金。
预付款还可以带有“动员费”的内容，以供组织人员、完成临时设施工程等准备工作之用；预付款相当于建设单位给施工企业的无息贷款。
扩展资料
当未完工程和未施工工程所需材料的价值相当于备料款数额时起扣。每次结算工程价款时，按材料比重扣抵工程价款，竣工前全部扣清。
未完工程需主材总值=未完工程价值×主要材料比重=预付备料款
未完工程价值=预付备料款÷主要材料比重
起扣时已完工程价值=施工合同总值－未完工程价值
参考资料来源：百度百科-工程预付款
