1、癌变：恶性肿瘤是湿疣严重的并发症。男性在被湿疣感染后，如果治疗不及时，在将来很可能导致阴茎癌等恶性肿瘤，早期治疗是预防湿疣癌变的有效方法。
2、溃疡、出血：病变增大、增多后，会引起局部的异物感和不适感。由于发病的部位多在包皮内、尿道、阴唇、阴道内、肛周等，这些部位容易受微生物感染，导致病变部位的溃疡、化脓、出血、疼痛和肿胀。
3、并发症：湿疣可持续扩散至尿道，患者可有尿痛、尿急、尿频等症状出现。如果其病变严重，还会造成输尿管堵塞，从而出现肾感染、肾积水、肾功能不全等病症。若是疾病发展至肛门直肠处，患者会有便血、肛门内胀感、排便不畅等症状出现。
