1、这是个人类同口袋妖怪一同生活的世界，有无数的人梦想成为杰出的口袋妖怪训练员，我们的主角也是其中之一。而且，他有着不输给任何人的信念…………这里是マサラ小镇，虽然宁静，但却非常的小，故事就从这个小镇开始。我们的主角是拥有雄心壮志的小孩，怎么可能甘愿呆在自己的小屋里打FC？男子汉就应该到外面去闯闯嘛。不过出门之前，先从电脑里把小恢复的药（キズぐすり）拿出来。“喂，小孩，小心草丛！”主角刚想离开村子进入草丛，便听到背后有人喊叫。原来是这个镇上的名人——オーキド博士，他可是口袋妖怪的专家。
2、“草丛里生活着口袋妖怪，你打扰了它们的生活。自己身边没有口袋妖怪保护是很危险的。跟我来吧。”于是，博士便把一无所知的主角带到了他的研究所。研究所里，博士的孙子，也是主角的劲敌在等待着博士给他口袋妖怪。再博士交代几句之后，便让主角先从三个小妖怪中挑选一个。待主角拿定注意之后，博士的孙子也会挑选一个，当然是克制主角属性的那一只
4、终于还是主角还是赢了，告别了博士和母亲之后，主角离开了小镇踏入草丛之中。果然和博士说的一样，在草丛中隐匿了和多小妖怪，时不时的出来袭击主角。好在它们的等级都很低，应该没问题。
6、终于又回到了トキワ村，不过这里也太小了，不够看，唯一的一个会馆还进不去，先去下一个城市看看吧。不过主角刚要出村，却不一个老头叫住了。原来他是要教主角抓小妖怪（对各位玩家来说没有必要的吧，但是还是看一下，不要辜负人家的好心^_^）。 而且他还给了主角一个手提电视（新要素！！好象是教你怎么战斗，具体功能慢慢研究）。
