湖北中医药大学有2所附属医院，分别是湖北中医药大学黄家湖医院和湖北中医药大学国医堂。
湖北中医药大学黄家湖医院位于洪山区黄家湖西路一号，毗临美丽的黄家湖畔和武汉南大门，交通便利。 2009 年成功申办为一级医院， 2012 年 12 月 正式对外开诊，是一所集医疗、教学、科研、预防于一体的具体浓厚中医特色的中医医院。2015年10月通过省卫计委评审升为二级乙等医院。目前是湖北中医药大学临床教学医院，武汉市城镇基本医疗保险定点医疗机构。
湖北中医药大学国医堂创建于1988年，起初为湖北中医学院疑难杂病专家门诊部，1992年经批准更名为“湖北中医学院附属专家门诊部”，1993年与学校保健科合并更名为“湖北中医学院附属门诊部”，2006年学校保健科剥离出去，2011年更名为“湖北中医药大学国医堂”。
