1、 无法取得房产证
房产权是拥有房屋产权的凭证，但是由于小产权房买卖并不合法，所以无法获取房产证。这也是意味着购房者并没有房屋产权，法律也不会保护购房者的权益。
2、 无法再出售
由于房产证无法合理取得，所以小产权房也就无法合理上市，无法转卖。
3、 质量参差不齐
小产权房的建设并不需要经过相关部门的审核，不排除一些开放商为增加利润而偷工减料的情况发生，房屋质量并不能保证。如果房屋质量出了问题，责任也很难追究。
4、如遇拆迁没有补偿
这些建筑其实算是违章建筑，如果真的遇到拆迁，购房者并不会有任何补偿，如果有补偿也会全部归原业主。
5、 法院裁判小产权房买卖合同效力问题的一般思路：
1、依据《土地管理法》第63条划定的“农业建设目的”，只将有违农民生存保障和农地保护原则的集体土地使用权流转列为法定禁止范围，在城镇居民以“非转农”方式购买小产权房的情况下，相关集体土地使用权流转符合“农业建设目的”，小产权房交易有效。
2、秉持追求实质正义的理念，只要不违背国家法制的实质统一，应尽量尊重小产权房交易个案的特殊性，尊重既成履行事实或客观情事，体现必要的情理和交易习惯。
3、针对实践中多发的卖房人为求房屋涨价利益主张交易无效的情形，应始终注重公平、诚信原则在相关利益关系处置中的动态贯彻。
